Trước hết bà con nuôi thủy sản cần chú ý chọn những loại kháng sinh có khả năng hấp thu qua niêm mạc ruột là chủ yếu, còn các kháng sinh không hấp thụ chỉ dùng kết hợp với những loại kháng có khả năng hấp thụ mà không dùng đơn lẻ, đồng thời cần xem xét tính tan của từng loại kháng sinh và xác định kháng sinh trộn vào thức ăn dạng viên hay thức ăn tự chế.

       Khi sử dụng thuốc ta cần tiến hành theo các bước sau: Lượng thuốc điều trị cần tính theo trọng lượng thực tế đàn cá dù trong toa có chỉ dẫn liều trộn vào thức ăn. Ví dụ, trên toa nhãn ghi 50 g thuốc dùng cho 01 tấn cá hoặc trộn vào 10-15 kg thức ăn thì đó là liều tương đương của thức ăn và trọng lượng khi cá còn ăn mạnh. Nhưng khi cá đã bệnh, khả năng bắt mồi giảm, tương đương này không còn đúng nữa vì vậy người nuôi nên chọn liều là 50 g thuốc/01 tấn cá.

       Từ trọng lượng cá thực tế, tính ra lượng thuốc cần sử dụng nhưng chú ý là chỉ trộn lượng thuốc này với lượng thức ăn khoảng 30% lượng thức ăn hàng ngày (tuỳ vào giai đoạn thủy sản nuôi lớn hay nhỏ) để đảm bảo được lượng thuốc cung cấp đủ nồng độ và tất cả cá đều ăn được thuốc. Nguyên nhân là do cá bệnh ăn yếu, ăn không hết thức ăn sẽ làm cho nồng độ thuốc trong máu không đủ diệt khuẩn hoặc trộn với quá ít thức ăn, dẫn đến tình trạng cá yếu không cạnh tranh được thức ăn nên không đủ liều lượng kháng sinh cần thiết để điều trị bệnh. Tốt nhất là nên trộn thuốc với 30% lượng thức ăn so với ngày thủy sản nuôi chưa bệnh.

       Không nên sử dụng cùng lúc nhiều hơn 01 loại kháng sinh nếu không có sự hướng dẫn của cán bộ chuyên môn, bởi nhiều loại kháng sinh nếu dùng chung không những không tăng hiệu lực kháng khuẩn mà ngược lại còn làm giảm hiệu lực kháng khuẩn. Không nên sử dụng nước ao nuôi để pha kháng sinh trộn vào thức ăn trị bệnh cho tôm, cá mà nên dùng nước sạch. Nguyên nhân là nếu nước ao có nhiều tảo có thể làm giảm độ tiêu hóa đối với tôm, cá nhỏ, còn nhiều nước ao có nhiều chất hữu cơ có thể làm kết tủa một phần kháng sinh, làm giảm nồng độ thuốc dẫn đến hiệu quả sử dụng kháng sinh thấp.

       Kháng sinh phải được hoà tan vào nước theo tỉ lệ 03 lít nước tưới đều 20kg thức ăn viên. Cách tính lượng nước cần pha kháng sinh là: (Tổng lượng thức ăn dự kiến trộn kháng sinh/20kg) x 3). Ví dụ: Sau khi tính toán lượng kháng sinh và lượng thức ăn cần trộn là 300g thuốc và 100kg thức ăn, thì người nuôi cần tính lượng nước cần thiết để hoà tan 300g kháng sinh để tưới vào 100kg thức ăn là (100/20) x 3)= 15 lít nước.

       Để kháng sinh trộn đều vào thức ăn cần dùng thùng có vòi sen tưới nước hòa kháng sinh vào thức ăn cá theo tỷ lệ 3 lít nước kháng sinh tưới cho 20 kg thức ăn viên. Thức ăn sau khi tưới nước kháng sinh xong cần để nơi thoáng mát khoảng ½ giờ để kháng sinh ngấm sâu vào thức ăn mới rải cho tôm, cá ăn nhằm giảm khả năng kháng sinh bị hòa vào nước. Đối với một số loại kháng sinh có tính tan không hoàn toàn (ví dụ như Florphenicol dạng bột) trong quá trình tưới vào thức ăn cần quậy đảo liên tục, tránh tình trạng kháng sinh bị lắng xuống thuốc bị sa lắng dưới đáy thùng.

       Đối với thức ăn tự chế, sau khi tính đủ lượng thuốc cho số cá trong ao, bà con nên trộn số thuốc này với số cám dùng trong hỗn hộp tự chế. Sau khi cám và thuốc đã trộn đều thì mới dùng số cám và thuốc này trộn vào các thành phần khác theo tỉ lệ của thức ăn tự chế. Tuỳ theo loại kháng sinh mà ta có thể hỗ trợ thêm Vitamin C và men tiêu hoá để tăng cường kháng thể cho tôm, cá.

       Lưu ý, kháng sinh sử dụng trong điều trị bệnh cá phải không nằm trong danh mục kháng sinh cấm sử dụng trong sản xuất, kinh doanh và nuôi trồng thủy sản; đồng thời phải nằm trong danh mục thuốc thú y thủy sản được pháp lưu hành tại Việt Nam do Bộ Nông nghiệp và PTNT ban hành. Trước khi sử dụng kháng sinh để điều trị bệnh cá cần đem mẫu cá bệnh đến phòng xét nghiệm bệnh thủy sản để làm kháng sinh đồ.