Tại phiên họp ngoài các ủy viên và chuyên gia của Hội đồng đã lắng nghe đại diện Vụ Tổ chức Cán bộ - Bộ KH&CN, Cục Phát triển thị trường và doanh nghiệp KH&CN, cùng lãnh đạo một số đơn vị KH&CN báo cáo về thực trạng chuyển đổi sang cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm theo Nghị định số 115/2005/NĐ-CP và tình hình phát triển các doanh nghiệp KH&CN theo Nghị định số 80/2007/NĐ-CP. Đa số các đại biểu khẳng định đây là những chính sách của Nhà nước có ý nghĩa quan trọng đối với các tổ chức KH&CN, thúc đẩy các nhà khoa học thực hiện tự chủ bằng cách cống hiến những nghiên cứu gắn với nhu cầu của nền kinh tế và các ngành công nghiệp, tuy nhiên việc thực hiện còn nhiều khó khăn, cụ thể là những chính sách như tự chủ trong quản lý nguồn nhân lực, các chính sách về mức tiền lương, đất đai, thuế, nguồn vốn tín dụng ưu đãi, v.v cho các tổ chức tự chủ và doanh nghiệp KH&CN chưa thực sự đi vào đời sống. 

Nguyên nhân quan trọng là các nội dung liên quan trong các Nghị định đề cập trên đây của Chính phủ chưa thống nhất với một số Luật hiện hành (như Luật Đất đai, Luật Cán bộ Công chức), trong khi các Bộ, ngành, chính quyền địa phương chưa có ý thức tuân thủ cao đối với các chính sách KH&CN của Chính phủ, và luôn mang tâm lý “ăn cây nào rào cây ấy”), dẫn tới làm khó dễ cho các tổ chức KH&CN thực hiện quyền tự chủ và các doanh nghiệp KH&CN, như đánh giá của ông Chu Tuấn Nhạ, chuyên gia cao cấp của Hội đồng, đồng thời là nguyên Bộ trưởng Bộ KH&CN. 

Hậu quả dẫn tới là số lượng các doanh nghiệp KH&CN được thành lập và các tổ chức chuyển đổi tự chủ thành công còn rất hạn chế. Nhiều nơi phải chấp nhận tình trạng tiếp tục được Nhà nước bao cấp, hoặc bao cấp một phần, trong khi vấn đề tồn đọng, dôi dư những người lao động kém hiệu quả chưa được giải quyết.

Để giải quyết vấn đề này, nhiều ý kiến cho rằng cần có những giải pháp từng bước, trước mắt là tăng cường các điều kiện thuận lợi giúp các tổ chức KH&CN thực hiện tự chủ thành công, thông qua việc xây dựng, triển khai một số chính sách giúp Luật KH&CN sửa đổi đi vào đời sống, như cập nhật, gia tăng mức chi thường xuyên, thực hiện cơ chế quỹ KH&CN và khoán chi tới sản phẩm cuối cùng, v.v. Theo ông Hoàng Văn Phong, Chủ tịch Hội đồng, những chính sách ưu đãi cho các tổ chức KH&CN tự chủ và doanh nghiệp KH&CN phải được tính toán chi tiết, cụ thể, ví dụ đối với chính sách miễn giảm thuế Bộ KH&CN cần phối hợp làm rõ với Bộ Tài chính về những khoản chi được miễn, lý do được miễn. 

Về tình trạng tồn đọng, dôi dư lao động kém hiệu quả tại các tổ chức KH&CN tự chủ, theo ông Đỗ Hữu Hào, ủy viên Hội đồng, nguyên Thứ trưởng Bộ Công thương, vấn đề này chỉ có thể được giải quyết triệt để khi các tổ chức KH&CN tự chủ thành công, sau đó chuyển đổi thành những doanh nghiệp KH&CN được cổ phần hóa, theo đó quyền tự chủ trong quản lý nguồn nhân lực và chế độ lương, thưởng, đãi ngộ nguồn nhân lực KH&CN được nâng cao thêm một bước. 

Ngoài ý kiến của các thành viên Hội đồng, đại diện một số đơn vị KH&CN tự chủ có một số kiến nghị đáng chú ý, như có quy định phân loại rõ ràng, công bằng về những tổ chức KH&CN được phép nhận tài trợ toàn phần, hoặc một phần, thay vì tự chủ hoàn toàn; tăng cường hiệu quả trong công tác bảo hộ sở hữu trí tuệ; có chính sách thẩm định và ưu đãi hợp lý cho doanh nghiệp tham gia đầu tư triển khai các kết quả KH&CN thay vì hoàn toàn trông chờ vào nguồn tài trợ từ Ngân sách Nhà nước, v.v.