Phân bón, bao gồm phân vô cơ và phân hữu cơ là nguồn dinh dưỡng chủ yếu của cây trồng SX thâm canh, đấy cũng là loại vật tư nông nghiệp chiếm tỷ trọng lớn nhất trong chi phí đầu tư (thông thường phân bón chiếm 30% trong tổng chi phí SX lúa). Tuy nhiên phân bón cũng là nguồn gây độc cho cây, cho môi trường, cho người SX và để lại tồn dư trên nông sản.

PHÂN HỮU CƠ: Có 2 loại phân, phân hữu cơ truyền thống và phân hữu cơ được SX theo các quy trình công nghiệp. Kể từ tháng 8/2011, phân hữu cơ truyền thống không còn được phép lưu thông trên thị trường theo chuẩn mực hàng hóa nữa. Tuy nhiên hộ nông dân vẫn có thể sử dụng theo kiểu tự SX và tiêu thụ.

Phân hữu cơ truyền thống bao gồm các chất thải trong đời sống, chăn nuôi, trồng trọt. Mặc dù có nhiều ưu điểm như là tiện dụng, góp phần chống ô nhiễm môi trường nhưng đây cũng là nguồn ô nhiễm nhất là vi khuẩn E.coli, mầm bệnh thương hàn. Trong SX theo GAP không cấm việc sử dụng nguồn phân hữu cơ truyền thống nhưng phải được SX theo quy trình kỹ thuật được các nhà khoa học chấp nhận và khuyến cáo, đảm bảo các tác nhân gây hại trong phân đều dưới ngưỡng cho phép. Theo Quyết định 100 của Bộ NN-PTNT về SX và kinh doanh phân bón thì cụ thể các chỉ tiêu ấy như sau: Mật độ vi khuẩn Coliform = 0; mật độ vi khuẩn E.Coli = 0. Ngoài ra, phân hữu cơ cũng có thể là nguồn phát tán kim loại nặng nên pháp luật đã quy định hàm lượng tối đa của một số kim loại nặng như sau: Hàm lượng Asen (As) ≤ 2,0 mg/kg (lít); hàm lượng chì (Pb) ≤ 250,0 mg/kg (lít); hàm lượng thuỷ ngân (Hg) ≤ 2,0 mg/kg (lít).

PHÂN HỮU CƠ CÔNG NGHIỆP: Bao gồm phân hữu cơ sinh học, phân hữu cơ vi sinh, phân hữu cơ khoáng và phân vi sinh vật. Chỉ được phép sử dụng các loại phân bón có tên trong Danh mục phân bón của Bộ NN-PTNT ban hành.

PHÂN VÔ CƠ: Phân bón vô cơ hay còn gọi là phân hóa học có 3 thành phần chính là đạm, lân và kali. Cả 3 loại phân này nếu sử dụng không đúng đều có thể gây hại đến sức khỏe và môi trường, trong đó đặc biệt là phân đạm, việc tồn dư đạm Nitrat trong nông sản được ghi nhận là một trong các nguyên nhân gây bệnh ung thư. Bởi vậy phân đạm cần được kiểm soát đầu tiên và chặt chẽ.

Trên thị trường hiện có nhiều loại phân đạm như là urea, SA, Nitrat a môn (đạm 2 lá), Clorua a môn, Can xi xi ma mít (CaCN2), a môn các bô nát ((NH4)2 CO3), đạm trong DAP. Tuy nhiên loại đạm được sử dụng nhiều nhất là urea, SA, DAP. Trong bất cứ loại phân đạm nào thì đạm đều nằm ở 2 dạng a môn và sun phát (NH4 và NO3). Khi được bón vào đất, chỉ có khoảng 40-50% được cây sử dụng, còn lại bị thất thoát theo con đường bay hơn, rửa trôi và trực di vào đất. Khi bón lượng đạm cao hơn nhu cầu của cây thì chẳng những có thể làm cho cây bị ngộ độc mà còn tăng lượng thất thoát ra môi trường, xâm nhập vào nước ngầm, tồn dư trong nông sản.

LÂN: Phân lân được SX từ các quặng phốt phát trong tự nhiên. Trong quặng thường có Cadimi (Cd) một kim loại nặng có hại cho sức khỏe. Trước đây các nhà khoa học Nhật Bản phát hiện ra rằng rất nhiều người Nhật về già mắc chứng còng lưng. Sau nhiều khảo sát họ phát hiện ra chính Cd tồn dư quá nhiều trong nông sản là thủ phạm. Quyết định 100 của Bộ NN-PTNT quy định hàm lượng Cadimi (Cd), bao gồm cả phân lân nhập khẩu ≤ 2,5 mg/kg.

KALI: Trong phân hóa học phân kali được sử dụng nhiều ở 2 dạng, KCL và K2SO4. Khi dư thừa, Clo sẽ gây hại cho cây trồng và môi trường, SO4 cũng gây hại do sự hoạt động của nguyên tố lưu huỳnh.

PHÂN BÓN QUA LÁ: Mặc dù chỉ là con đường hấp thu dinh dưỡng thứ yếu nhưng phân bón qua lá lại tỏ ra rất hiệu quả trong việc cung cấp dinh dưỡng trong một số giai đoạn khủng hoảng mà việc cung cấp bằng con đường rễ không đáp ứng đầy đủ. Dinh dưỡng cung cấp qua phân bón lá chủ yếu là một số vi lượng và đấy cũng chính là các kim loại nặng. Bởi vậy không được lạm dụng phân bón lá mà phải tuân thủ theo khuyến cáo của nhà SX.

PHÂN ĐẠM 46 A+, NPK Agrotain – TƯƠNG THÍCH VỚI GAP

Theo điều tra của Viện lúa ĐBSCL, trường ĐH Cần Thơ thì việc bón dư phân đạm, bón không cân đối với lân và kali là phổ biến. Điều này không những gây nên năng suất không cao, tăng giá thành mà còn gây ô nhiễm môi trường, không tương thích với quy trình GAP. Năm 1998, Mỹ công bố phát minh chất Agrotain có tác dụng kìm hãm hoạt động của men ueaza, làm chậm lại quá trình biến đổi sang NH3 và NO2. Agrotain được các nhà khoa học Úc thử nghiệm kỹ càng và cho thấy với hàm lượng <0,5% thì Agrotain không gây hại gì cho môi trường, sinh thái và sức khỏe con người. Agrotain được Cty phân bón Bình Điền độc quyền nhập khẩu, phân phối và sử dụng để áo hạt phân urea với hàm lượng từ 0,2 – 0,3% để sản xuất nên phân đạm hạt vàng Đầu Trâu 46A+. Ngoài ra còn được sử dụng trong phân NPK Agrotain + TE với hàm lượng Agrotain 0,08%. Việc sử dụng phân đạm hạt vàng 46A+ và NPK Agrotain đã làm giảm được 25-30% lượng phân cần bón nhưng năng suất vẫn đạt bình thường, điều đó cũng rất có ý nghĩa với việc bảo vệ môi trường và hoàn toàn tương thích với quy trình SX nông nghiệp tốt VietGAP nói riêng và GAP nói chung.