Theo đó, mục tiêu của Chương trình phát triển xuất khẩu thủy sản là tiếp tục phát triển xuất khẩu thủy sản theo hướng bền vững, khả năng cạnh tranh cao, giữ vững vị trí trong nhóm 10 nước xuất khẩu thủy sản hàng đầu thế giới. Phát triển xuất khẩu vừa là mục tiêu vừa là động lực thúc đẩy phát triển nuôi trồng, khai thác và dịch vụ thủy sản, góp phần ổn định, từng bước nâng cao thu nhập và đời sống cho nông, ngư dân.

Cụ thể, phấn đấu đến năm 2015, tốc độ tăng trưởng xuất khẩu thủy sản hàng năm đạt trên 8%, tỷ trọng sản phẩm giá trị gia tăng đạt trên 60%, giá trị sản phẩm xuất khẩu từ nuôi trồng thủy sản chiếm khoảng 70%. Từ đó đưa giá trị kim ngạch xuất khẩu năm 2015 đạt 7,5 tỷ USD.

Định hướng đến năm 2020, xuất khẩu thủy sản tiếp tục là ngành xuất khẩu chủ lực của ngành, của đất nước, góp phần quan trọng đưa kinh tế nông thôn phát triển bền vững, với tốc độ tăng trưởng khoảng trên 7%/năm, giá trị xuất khẩu dự kiến đạt mức 10 - 10,5 tỷ USD. Xây dựng được các thương hiệu thủy sản lớn, có uy tín, tạo thế cho thủy sản xuất khẩu của Việt Nam tiếp tục giữ vững và phát triển trên các thị trường thế giới.

Để đạt được các mục tiêu này, Chương trình phát triển xuất khẩu thủy sản đã đưa ra một số giải pháp chủ yếu như: Giữ vững và phát triển thị trường; Đổi mới hoạt động xuất khẩu và xúc tiến thương mại; Phát triển nguồn nguyên liệu ổn định và đảm bảo chất lượng; Tập trung đầu tư phát triển chế biến xuất khẩu theo chiều sâu; Tăng cường công tác kiểm tra, giám sát bảo đảm chất lượng, an toàn thực phẩm; Tăng cường công tác quản lý và đào tạo cán bộ.

Về cơ chế chính sách, thực hiện đa dạng hóa các nguồn vốn huy động để thực hiện Chương trình; Nghiên cứu xây dựng một số cơ chế chính sách hỗ trợ phát triển xuất khẩu thủy sản; Nghiên cứu việc xây dựng Quỹ Phát triển thị trường xuất khẩu thủy sản Việt Nam; Tiếp tục thực hiện các cơ chế chính sách về đầu tư, tín dụng khuyến khích, hỗ trợ các tổ chức, cá nhân đầu tư phát triển sản xuất và tiêu thụ sản phẩm, áp dụng khoa học công nghệ tiên tiến… theo các quy định hiện hành.