Trong thời gian qua, ngành nông nghiệp đóng vai trò đặc biệt quan trong trong việc đảm bảo an ninh lương thực, tạo việc làm và thu nhập cho khoảng 70% dân cư, đời sống vật chất và tinh thần của người dân được nâng cao. Hệ thống hạ tầng nông thôn dần được hoàn thiện; cảnh quan khu vực nông thông được cải tạo, nâng cấp; công tác thu gom rác thải, bao bì thuốc bảo vệ thực vật sau sử dụng dần được hình thành; nhận thức của người dân về bảo vệ môi trường từng bước được nâng cao thông qua thực hiện Chương trình mục tiêu Quốc gia về xây dựng nông thôn mới.

       Tuy nhiên, cùng với sự phát triển của ngành thì vấn đề ô nhiễm môi trường nông nghiệp, nông thôn ngày càng gia tăng. Kết quả điều tra cho thấy, vấn đề môi trường bức xúc hiện nay là lạm dụng sử dụng phân bón vô cơ, thuốc thú y trong chăn nuôi, nuôi trồng thủy sản; thuốc bảo vệ thực vật; bao bì thuốc bảo vệ thực vật, thuốc thú y, phân bón sau sử dụng chưa được thu gom và xử lý triệt để; phát triển nuôi trồng thủy sản nhiều nơi còn tự phát, không phù hợp với quy hoạch và chưa đáp ứng yêu cầu bảo vệ môi trường; thiếu các quy định về thu gom và ử lý chất thải chăn nuôi; ô nhiễm nước trong hệ thống thủy lợi có dấu hiệu gia tăng; tiêu chí môi trường là tiêu chí có tỷ lệ đạt thấp nhất trong 19 tiêu chí xây dựng nông thôn mới.

       Nguyên nhân chủ yếu là nhận thức, trách nhiệm của người sản xuất về môi trường còn thấp; đầu tư cho bảo vệ môi trường chưa đúng mức; việc thực thi các quy định pháp luật về bảo vệ môi trường chưa nghiêm; bộ máy quản lý còn bất cập, phần lớn chỉ có cán bộ kiêm nghiệm; tiêu chí môi trường trong xây dựng nông thôn mới còn nhiều nội dung chưa phù hợp với điều kiện của các vùng, miền hoặc chưa cụ thể, khó đánh giá; công tác thanh tra, kiểm tra môi trường chưa được chú trọng.

       Nhằm giảm thiểu và tiến tới ngăn chặn gia tăng ô nhiễm, suy thoái môi trường trong các lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn, thích ứng biến đổi khí hậu và phát triển bền vững, Bộ Nông nghiệp và PTNT chỉ thị các cơ quan, đơn vị trực thuộc Bộ, Sở Nông nghiệp và PTNT các tỉnh/thành phố trực thuộc Trung ương thực hiện các nhiệm vụ sau:

       Tăng cường công tác tuyên truyền, vận động không chỉ với người sản xuất mà cả người tiêu dùng để nâng cao nhận thức trách nhiệm về bảo vệ môi trường; thực hiện nghiêm các quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường. Thường xuyên tổ chức các lớp tập huấn cho cán bộ làm công tác bảo vệ môi trường trong nông nghiệp, nông thôn. Làm tốt công tác phòng ngừa, giảm thiểu các nguồn gây ô nhiễm đến môi trường từ hoạt động sản xuất nông nghiệp và phát triển nông thôn.

       Tổ chức thực hiện nhiệm vụ bảo vệ môi trường từ khâu xét duyệt đến triển khai thực hiện và vận hành dự án. Tổ chức rà soát báo cáo đánh giá tác động môi trường đã được phê duyệt, các công trình và biện pháp bảo vệ môi trường của các dự án đầu tư, nhất là các dự án lớn có nguy cơ cao tác động xấu đến môi trường để có điều chỉnh kịp thời. Tăng cường giám sát, kiểm soát chất lượng nước trong hệ thống công trình thủy lợi đảm bảo yêu cầu cấp nước cho sản xuất nông nghiệp, nuôi trồng thủy sản, dân sinh nông thôn và các ngành kinh tế khác.

       Tiếp tục thực hiện các nhiệm vụ Thủ tướng Chính phủ giao cho Bộ tại Chỉ thị số 10/CT-TTg ngày 29/5/2015 về tăng cường công tác kiểm soát, khắc phục tình trạng ô nhiễm môi trường trong hoạt động sản xuất, chế biến nông sản, lâm sản, thủy sản. Triển khai thực hiện tiêu chí môi trường trong xây dựng nông thôn mới; thực hiện nghiêm việc đánh giá tiêu chí môi trường trong xét duyệt xã, huyện đạt chuẩn nông thôn mới.