Cụ thể, đối với nghêu giống tự nhiên có kích cỡ dưới 500.000 con/kg, các tổ chức, cá nhân được phép khai thác khi có sự chấp thuận của UBND xã. Đối với nghêu giống tự nhiên có kích cỡ từ 500.000 - 1.000.000 con /kg, các tổ chức, cá nhân được phép khai thác khi có sự chấp thuận của UBND xã (trong khoảng thời gian do UBND huyện xác định). Đối với nghêu giống tự nhiên có kích cỡ trên 1.500.000 con/kg, các tổ chức, cá nhân không được phép khai thác dưới mọi hình thức.

       Riêng đối với, nghêu giống tự nhiên có kích cỡ từ 1.000.000 - 1.500.000 con/kg sau khi khai thác phải được ương dưỡng ở các khu vực có điều kiện tự nhiên phù hợp do UBND huyện quy định trên địa bàn xã Tân Điền, Tân Thành (huyện Gò Công Đông) và xã Phú Tân (huyện Tân Phú Đông). Riêng các cơ sở ương, dưỡng có đăng ký sản xuất - kinh doanh, thì phải đảm bảo các quy định về điều kiện đối với cơ sở ương dưỡng giống thủy sản theo nội dung Điều 5, Thông tư số 26/2013/TT-BNNPTNT ngày 22/5/2013 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về quản lý giống thủy sản.

       Tổ chức, cá nhân không được sử dụng phương tiện cơ giới để khai thác nghêu giống tự nhiên, nghêu thương phẩm làm ảnh hưởng đến hệ sinh thái và nguồn lợi thủy sản trong quá trình khai thác. Công cụ khai thác phải sử dụng vợt cào bằng tay, trong đó vật liệu chế tạo lưỡi cào đảm bảo không độc hại, không làm ô nhiễm môi trường, không sắc nhọn dễ gây sát thương cho người lao động và các đối tượng khai thác.

       Đồng thời, chỉ được khai thác khi nghêu đạt kích cỡ trung bình lớn hơn cỡ 80 con/kg. Khi thu hoạch nghêu phải thực hiện lưu lại (giữ lại) bãi nuôi ít nhất 10% sản lượng nghêu trong kỳ thu hoạch của mỗi vụ nuôi để bảo tồn nguồn nghêu bố mẹ tự nhiên, đảm bảo duy trì, tái tạo nguồn nghêu giống tự nhiên. Cần lưu ý, các tổ chức, cá nhân chỉ được thu hoạch nghêu khi có thông báo cho phép thu hoạch của cơ quan có thẩm quyền và phải thực hiện thủ tục kiểm soát và cấp giấy chứng nhận xuất xứ nhuyễn thể hai mảnh vỏ theo quy định hiện hành của nhà nước.

 
       Để được phép khai thác nghêu giống tự nhiên, các tổ chức, cá nhân phải nộp đơn xin phép khai thác nghêu giống tự nhiên tại UBND xã nơi có sân nghêu (theo mẫu). Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận đơn, UBND cấp xã xác nhận đồng ý cho phép khai thác, đóng dấu vào đơn gửi lại cho tổ chức, cá nhân và vào sổ theo dõi. Trường hợp không cho phép khai thác, trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận đơn, UBND xã phải có thông báo trả lời cho tổ chức, cá nhân biết, nêu rõ lý do.